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Fityk is nonlinear curve-fitting and data analysis software. It allows data visualization, separation of overlapping peaks, and least squares fitting using standard Levenberg-Marquardt algorithm, a genetic algorithm, or Nelder-Mead simplex method. It knows about many functions (mostly bell-shaped, like Gaussian, Loretzian, Pearson 7, Voigt, Pseudo-Voigt, and Doniach-Sunjic) and user-defined functions can be easily added. It also enables background subtracting, data calibration, and task automation with a simple script language. It is mainly used to analyze powder diffraction patterns, chromatography, photoluminescence, infrared, and Raman spectroscopy, but it can be used to fit analytical functions to any kind of data.

Chemtool は GTK +-ベースの x11 用二次元化学構造エディター。図面は、XFig の形式は、さらにアノテーションまたは Postscript ファイル (xfig のコンパニオン プログラム transfig を使用) としてエクスポートできます。サンプルの分子構造図面のセットは、アーカイブに含まれています。

Cactusは、偏微分方程式を解くシステムのための汎用的なモジュラー並列環境です。 このコードは、数値相対論と計算科学研究グループの国際協調によって多くの年月をかけて開発されました。 任意の偏微分方程式解法システムを解くための移植可能なプラットフォームに供するために使用されます。

BioJavaはバイオインフォマティクスのアプリケーションの迅速な開発のためのJavaコンポーネントの包括的なセットを提供することを目指します。これには、他の重要なバイオインフォマティクスの概念、機能シーケンスを表すためのインターフェイスが含まれます。また、様々な共通フォーマットのシーケンスデータを読み書きし、EnsemblのデータベースとDASとBioCorbaサーバーと通信することができます。

Xdrawchemは構造を描画する化学のためのプログラムです。特徴は、変換ツールが自動的に描画リング、自動配置を構造2Dで、反応構造の3D構造と、生成図など固定長、固定角の描画、リング。これは、数式または、数名で、CASのデータベースの複合することができますアクセス構造をでPubChemの。それを出力できますInChI構造の構造データベースによる検索。これは、pKaは推定、13C NMR解析、単純な赤外吸収スペクトル、およびすることができます予測上期核磁気共鳴。 Xdrawchemは）など、できる仕事とのネイティブファイル形式構造式ファイル、およびサポートされる形式任意でOpenBabelを（MDLのMolfile、CMLの。

Ghemicalいくつかの素晴らしい3D可視化ツールを備えた分子モデリングソフトウェアパッケージです。これは分子力学や（MOPAC7、QM用のMPQCを使用した）量子力学の両方に基づくメソッドをサポートしています。（MMやQM用の）構造最適化や（MM用の）分子動力学アルゴリズムが含まれています。GhemicalはC++言語で書かれており、できれば汎用フリーウェアの分子モデリングツールの良いフレームワークを提供します。

BKChemは構造式を描くプログラムです

Open Babelは、分子モデリング、化学、ファイル形式とデータの相互変換を含む多くの関連する分野をサポートするために設計された、クロスプラットフォームのプログラムと開発者ライブラリの両方を含む、コミュニティ主導の科学プロジェクトです。

LAMMPSは並列計算機のために設計された古典的な分子動力学シミュレータです。これは様々な力場と境界条件を使用して、原子、高分子、生物、金属、中規模システムのモデルを作ることができます。また、簡単に変更したり拡張することができます。

JOELib/JOELib2はSMARTSの下地の検索、記述子の計算をサポートして化学情報ライブラリ/フィルタリングパイプ処理であり、異なる化学ファイル形式の変換を行います。それは100％純粋なJava、書かれており、外部プログラム（Ghemicalなどへのインターフェイス）は入手可能です。

Fitykは、非線形の曲線あてはめ(カーブフィッティング)およびデータ解析ソフトウェアです。特に実験データの曲線あてはめ(ガウス関数のような釣鐘型関数、ローレンツ関数、ピアソンVII関数、フォークト関数)に特化しています。

Viewmolは、建物や分子の編集のためのプログラムと同様、量子化学、分子力学プログラムからの出力の可視化です。現在サポートされてガウス9xでは、GAMESSの、ディスカバー、DMol/DSolid/DMol3、一気、モパック、Turbomole、とPDBファイルです。プロパティは、ジオメトリを含む（様々な描画モードで）、電子密度振動（アニメーションまたは矢印）と、/ MDの軌跡、ミズーリ州のエネルギー準位図、MOは、基底関数の最適化の歴史を可視化。図面は、TIFF、HPGL、PostScript、およびRayshade用の入力ファイルとして保存することができます。 Viewmolオートメーションの組み込みPythonインタープリタをしています。プログラムは独立して言語は現在、"話す"英語、フランス語、ドイツ語、ロシア語、またはスペイン語。

CyberbrauはhomebrewerをしているWebベースのためのプログラムです。これは、作成でき、非常にシンプルかつ直感的ビールサイダーと、蜂蜜のレシピ、それは自動的にスケジュール計算すべての関連や食材情報に基づいて選択された。レシピには加えて、それは日付により、複数の独自の醸造はに個人を追跡バッチを上にメール、ラック、瓶詰め、lagering。最後に、バッチビールをレートとコメント欄にあるあなたの'試して人々を可能に鑑定のセクションを送信'。この情報は、ランキングのレシピ行くに全体。

Tavernaは、純Javaオブジェクトモデル、モデルの事前準備のためのパーサー、（ ワークフローを対応アプリケーションにドロップするためのSwingコンポーネントを含む）ビューとコントローラのセットを備えたScufl（簡易概念統一フロー言語）と呼ばれる高級言語を含むワークフロー制定と記述コンポーネントのコレクションです。実際にワークフローを実行するため、myGridワークフロー制定エンジンも必要です。

gperiodic周期表を参照して、さまざまな要素のデータをルックアップするためのプログラムです。また、非グラフィカルなインターフェイスを備えています。

gElementalは、化学的要素に関する詳細な情報を提供する周期律表ビューアです。これは最新のデータを、テーマカラーリング、ソート可能なリスト表示、および共有ライブラリとPythonバインディングを設定するための、最大幅広く提供しています。もともとGPeriodicに基づいている。

Gabedit is a graphical interface for the FireFly, Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, NWChem, OpenMopac, ORCA, and Q-Chem computational chemistry packages. It includes a 3D molecule editor and viewer. Most major molecular file formats are supported, and graphics can be exported in many formats.

エゴは、プログラム並列にだけでなく、逐次コンピュータを分子動力学シミュレーションを実行することです。サポートされて並列計算機は、PVMかMPIの下で日立SR8000を、クレイ- T3Eは、IBM - SP2では、富士通VPP700、Parsytec - CCのPARIXの下、およびUNIXワークステーションの不均一なクラスタが含まれます。エゴも順次まともなUNIXワークステーション上でも、Windows95/NTのPCはの（GNUのCコンパイラ）で使用することができます実行されます。

libpositionは宇宙次元の3つのと、-、2つの1提供する一連のをの関数の計算運動と変位をします。これは、プロジェクト宇宙ている部分です。

jsProクラスの新しい番号ですのライブラリのセットを拡張するクラスとJavascriptコア。目的は、言語のJavaScriptベースの機能への豊富なオブジェクトですを提供します。