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Rは言語であり、統計的な計算やグラフィックのための環境です。Rはベル研究所のJohn Chambersらによって開発されたSに似ています。Rは統計的あるいはグラフィカルな様々な技術（線形/非線形モデリング、統計的テスト、時系列解析、分類、クラスタリングなど）を提供します。Rは繰り返し、条件分岐の制御フロー構造を備えた真のコンピュータ言語として設計されており、新しい関数を定義する事によって機能を追加することができます。負荷の大きい計算タスクを扱う場合、FortranとCのコードをランタイムでリンクして呼び出すことが出来ます。

PLOTICUSは棒グラフ、折れ線グラフ、円グラフ、箱ひげ図、散布図、スイープ、ヒートマップ、ベクトル、タイムライン、ベン図、および他のタイプのグラフを生成し、プロットするためのコマンドラインユーティリティです。PLOTICUSはグラフの自動もしくはジャストインタイム生成に有用です。また日付、時刻、およびカテゴリーデータを素敵に処理し、いくつかの基本的な統計機能を有しています。GIF、PNG、SVG、SWF、JPEG、PostScript、EPS、およびX11に出力できます。あなたが便利な設定オプションを使用したり、豊かで詳細な色とスタイルの操作で複雑なスクリプトを作成したりすることもできます。

SHOGUNは大規模なカーネル法、特にサポートベクトルマシン(SVM)に重点をおいた機械学習のツールボックスです。様々な種類のSVM実装について汎用のSVMオブジェクトインタフェースを提供し、すべて内部では効率的なカーネル実装を利用します。SVMとリグレッションの他に、SHOGUNは線形判別分析(LDA)、線形計画マシン(LPM)、(カーネル) パーセプトロン、隠れマルコフモデルの学習アルゴリズムも備えています。SHOGUNはC++、Matlab、R、Octave、Pythonで利用可能です。

Redetは、50以上ある検索プログラムやエディタ、プログラミング言語の中からいずれかを用いて正規表現の開発と実行を行なうためのツールであり、他の場所で使用する正規表現の開発をしたり、あるいは、それ自体で検索を行なうツールとして使用したりすることを意図しています。ロケールごとにそれぞれのプログラムについて、利用可能な構成を示すパレットを提供します。各プログラムのプロパティは実行時のテストによって決定され、それらのテストによって、その対象となったプログラムのバージョンとその時のロケールにおいてその決定されたプロパティが正しいということが保証されています。（訳注：どのような正規表現が使えるかを示したり、その正規表現を拾い上げて使ったりする「パレット」が対象プログラムに対して用意されます。そしてそのパレットにどのようなエントリが並ぶかは、実行時に一々テストされ決定されますので、対象プログラムとパレットのエントリの間には乖離が無いということでしょう。）その他の機能には永続的な履歴、豊富なヘルプ、文字入力のさまざまなツールや実行時にロケールを変更する機能を含みます。 Redetは高度に設定可能でUnicodeを完全にサポートします。

Wandora is a general purpose data extraction, management, and publishing application based on Topic Maps and Java. Wandora has a graphical user interface, layered presentation of knowledge, several data storage options, rich data extraction, import and export capabilities, and an embedded HTTP server that enables dynamic publication of Topic Maps. Wandora is well suited for rapid ontology construction and knowledge mashups.

libmbaパッケージは、任意のプロジェクトに有用な可能性がある殆ど独立したCモジュールのコレクションです。リンクリスト、ハッシュマップ、プール、スタック、配列を含む通常のADTs、柔軟なメモリアロケータ、CSVパーサー、パス正規化ルーチン、国際化テキストの抽象化、設定ファイルモジュール、ポータブルなセマフォ、条件変数等があります。コードは、個々のモジュールが既存のコードベースへの統合ではなく、ライブラリ全体にコミットするユーザに必要とされるよう設計されました。コードはtypedefを使わず、いくつかのコメント、および広範なマニュアルページを持ち、HTMLドキュメント化しています。

Engaugeデジタイザは、グラフや地図のイメージを数値に変換するソフトウェアです。イメージファイルは、スキャナから、デジタルカメラ、またはスクリーンショットから取り込むことができます。数値は、画面上で読むことができますし、スプレッドシートにコピーすることもできます。初心者の方にもやさしい直感的なインターフェイスや状況に応じたヘルプ画面の表示を備えています。また、専門家のための機能として、画像の歪み補正、さまざまな座標への対応（直線座標、曲座標、線形、対数）、自動スキャン機能、グラフィカルなプレビュー機能があり、詳細なヘルプも用意されています。

FreeMEDは、印刷システム、患者スケジューリング、HL7インターフェース、課金システム、XML-RPC Webサービス、および他の多くの機能を備えたWebベースの医療記録（EMR）と患者管理システムです。それはシステムのコアコンポーネントを書き直すことなく、個々のプラクティスに基づいてカスタマイズできるようにする、拡張可能なモジュラーアーキテクチャを採用しています。それは、HIPAAに準拠しています。

Lushは、オブジェクト指向や配列指向(array-oriented)プログラミングを取り入れて拡張した Lispの方言です。これは、数値を多用するアプリケーションのプロトタイピング用プログラミング環境を目標としています。Pythonに似た代替物や Scilabとは異なり、Lushは既存の C/C++/Fortranコードを簡単に統合するために設計されています。

CGAL, the Computational Geometry Algorithms Library, is a large C++ library of geometric data structures and algorithms such as Delaunay triangulations, mesh generation, Boolean operations on polygons, and various geometry processing algorithms. CGAL is used in various areas: computer graphics, scientific visualization, computer aided design and modeling, geographic information systems, molecular biology, medical imaging, robotics and motion planning, and numerical methods.

Care2x（以前はケア2002）は病院や健康管理機構のためのソフトウェアです。これらの組織の様々な既存情報システムを単一の効率的なシステムに統合するために設計されます。お互いに互換性のない複数プログラムのネットワークに固有の問題を解決します。サービス、システム、部署、診療所、プロセス、データ、病院に存在する通信のほぼすべてのタイプを統合することができます。そのデザインは、非医療サービスやセキュリティや保守のような機能でさえ扱うことができます。全ての機能は、Webブラウザからアクセスでき、全てのプログラムモジュールはサーバー側で処理されます。

Cactusは、偏微分方程式を解くシステムのための汎用的なモジュラー並列環境です。 このコードは、数値相対論と計算科学研究グループの国際協調によって多くの年月をかけて開発されました。 任意の偏微分方程式解法システムを解くための移植可能なプラットフォームに供するために使用されます。

E-Cellシステム (E-Cell System) とは、オブジェクト指向に基づいた、大規模かつ複雑な細胞をモデリング、シミュレーション、解析するためのソフトウェアプラットフォームです。その特徴的な機能として、異なる種類の計算アルゴリズムを異なるタイムスケールで統合してシミュレーションすることができます。コアシステムはC++により記述され、そのフロントエンド部はPython言語によって記述されています。

Ghemicalいくつかの素晴らしい3D可視化ツールを備えた分子モデリングソフトウェアパッケージです。これは分子力学や（MOPAC7、QM用のMPQCを使用した）量子力学の両方に基づくメソッドをサポートしています。（MMやQM用の）構造最適化や（MM用の）分子動力学アルゴリズムが含まれています。GhemicalはC++言語で書かれており、できれば汎用フリーウェアの分子モデリングツールの良いフレームワークを提供します。

MCL-edge is an integrated command-line driven workbench for large scale network analysis. It includes programs for the computation of shortest paths, diameter, clustering coefficient, betweenness centrality, and network shuffles. A module for loading and analyzing gene expression data as a network is provided. The MCL algorithm is a fast and highly scalable cluster algorithm for networks based on stochastic flow. The flow process employed by the algorithm is mathematically sound and intrinsically tied to cluster structure, which is revealed as the imprint left by the process. The threaded implementation has handled networks with millions of nodes within hours and is widely used in the fields of bioinformatics, graph clustering, and network analysis.

BioJavaはバイオインフォマティクスのアプリケーションの迅速な開発のためのJavaコンポーネントの包括的なセットを提供することを目指します。これには、他の重要なバイオインフォマティクスの概念、機能シーケンスを表すためのインターフェイスが含まれます。また、様々な共通フォーマットのシーケンスデータを読み書きし、EnsemblのデータベースとDASとBioCorbaサーバーと通信することができます。

SigmaPiは、任意のトポロジーのリカレントニューラルネットワークのためのシミュレータです。LSTMニューロンモデルを使用し、RPropからのいくつかの拡張を加えたRTRLに基づく学習アルゴリズムを実装します。

Open Babelは、分子モデリング、化学、ファイル形式とデータの相互変換を含む多くの関連する分野をサポートするために設計された、クロスプラットフォームのプログラムと開発者ライブラリの両方を含む、コミュニティ主導の科学プロジェクトです。

Virtual Token Descriptor for eXtensible Markup Language (VTD-XML) refers to a collection of efficient XML processing technologies centered around a non-extractive XML parsing technique called Virtual Token Descriptor (VTD). Depending on the perspective, VTD-XML can be viewed as either an XML parser, a native XML indexer or a file format that uses binary data to enhance the text XML, an incremental XML content modifier, an XML slicer/splitter/assembler, or an XML editor/eraser.

Orthanc is a lightweight, RESTful DICOM server for health care and medical research.